Кшиштоф Пендерецкий родился 23 ноября 1933 года в Дембице, в Польше, в творческой семье адвоката Тадеуша Пендерецкого и Софии Витгенштейн, музыкантами были его отец и дед — немец Роберт Бергер; бабушка — Евгения Шилкевич — была армянкой.
С детства учился игре на скрипке и фортепиано, в юности играл в духовом оркестре, в гимназии организовал оркестр, в котором был и скрипачом, и дирижёром. В Кракове брал уроки композиции у Ф. Сколышевского – пианиста, композитора, физика и математика, учился в Государственной высшей музыкальной школе (консерватории) в Кракове по классу композиции.
Большое влияние на молодого композитора оказало творчество авангардных композиторов Б. Бартока и И. Стравинского.
Преподавал композицию (в том числе в Йельском университете). Первый успех на родине пришёл в 1959 году, когда он представил жюри свои сочинения «Строфы», «Эманации» и «Псалмы Давидовы».
В начале 1960-х годов Пендерецкий получил всемирную известность как композитор-авангардист, экспериментировал с сонорикой, активно применял кластеры (созвучие из звуков, тесно расположенных по малым или большим секундам), сводные хоры, имитировал музыкальными средствами различные звуки - крик, стон, свист, шёпот. Использовал в партитурах специально придуманные знаки. Среди характерных сочинений этого направления — «Плач по жертвам Хиросимы» (1960), Симфония № 1 (1973).
Его отличительной особенностью было выражение своих идей с помощью максимально эмоциональных музыкальных средств, часто главными темами становилось страдание. Опус для 48 струнных «Полиморфия» (1961) было основано на энцефалограммах больных людей, сделанных во время прослушивания ими «Плача по жертвам Хиросимы». Опера «Дьяволы из Лудена» (1966, по одноимённому роману Олдоса Хаксли) посвящена массовой истерии монахинь и отличается натуралистичностью изображения эротического помешательства.
Также писал сочинения на религиозную тематику - «Stabat Mater», 1962; «Страсти по Луке», 1965; «Утреня», 1971), использовал традиции григорианского пения и творчество И. С. Баха.
Часто дирижировал собственными сочинениями. Был ректором Краковской консерватории.
С середины 1970-х годов стал тяготеть к неоромантизму, в его творчестве проявлялось влияние Франца Шуберта, Яна Сибелиуса, Густава Малера, Дмитрия Шостаковича; создал крупные вокально-симфонические и симфонические произведения («Польский реквием», 2005; «Credo», 1998; два скрипичных концерта, 1977, 1995; симфонии № 2—8).
В своих произведениях часто проявлял свою гражданскую позицию, «Польский реквием» посвящён памяти о расстрелянных во время восстания против тоталитарного режима, Леху Валенсе и «Солидарности» (впервые реквием была исполнен в 1984 году музыкантами под управлением Мстислава Ростроповича).
Музыка Пендерецкого использована во многих культовых фильмах - Алена Рене «Люблю тебя, люблю» (1968), Уильяма Фридкина «Экзорцист» (1971), Стэнли Кубрика «Сияние» (1980), Анджея Вайды «Катынь», Мартина Скорсезе «Остров проклятых», Дэвида Линча «Внутренняя империя», «Твин Пикс» (сезон 3, серия 8), в сериале «Секретные материалы».
Несмотря на то, что Пендерецкий был католик, он обращался к русской культуре, к православной литургии - «Утреня», 1970—1971; «Слава святому Даниилу, князю Московскому», 1997 (произведение было написано по заказу российского телеканала), «Страсти по Иоанну» (на тексты из Булгакова и Достоевского) и оратории на тексты Сергея Есенина.
Писал произведения для Мстислава Ростроповича (например, сочинение для виолончели соло «Per Slava» – «Для Славы», 1986).
В 2001 г. маэстро приехал в Петербург на торжественное открытие восстановленных ворот Зимнего дворца. Ворота распахнул директор Эрмитажа Михаил Пиотровский, во дворе дворца господин Пендерецкий дирижировал исполнением своего произведения "Семь врат Иерусалима".
В 2003 году Санкт-Петербургский государственный университет присвоил Пендерецкому звание доктора Honoris causa.
Был дважды женат, есть дети. Один из наиболее исполняемых современных композиторов, обладатель множества наград умер в Кракове 29 марта 2020 года.
