Начинания патриарха Никона, направленные на приведение традиций Православной Русской Церкви в соответствие с греческими привели ко многим изменениям на Руси. Одним из его начинаний стало основание в России монастырей по типу византийских.
В 1656 году Никон основал в городе Истра под Москвой Новоиерусалимский монастырь как подмосковную резиденцию патриархов. По его замыслу он должен был стать главным центром православия.
Главным храмом монастыря стал Воскресенский собор, который должен был повторить Храм Гроба Господня (Воскресения) в Иерусалиме, он был заложен в 1658 году. Храм мало напоминает иерусалимский прототип, однако план соответствует его обмерам. Место было выбрано не случайно - царь Алексей Михайлович, побывав в селе Воскресенском (Истре) заметил: «…место сиа… понеже прекрасно, подобно Иерусалиму».
Однако облик иерусалимского храма показался патриарху слишком скромным для растущего русского царства, и он распорядился украсить собор согласно высокому статусу православной патриархии. Зодчие - московские мастера Аверкий Мокеев, Иван Белозер и другие декорировали собор прекрасными наличниками, порталами, поясами-карнизами, полихромными изразцами, величественными иконостасами.
Отличительной особенностью сложного комплекса стала основная часть, решённая в виде масштабной полуротонды, перерастающей в цилиндр, устремляющийся вверх шатром, увенчанным золотым куполом.
При Никоне его резиденция не была достроена, собор оставался возведённым только до сводов, однако в нём были освящены три церкви, в том числе любимое место служения патриарха — верхняя Голгофская церковь. С востока к центральной части храма примыкала подземная церковь Константина и Елены, к южному фасаду примыкала колокольня.
Опала Никона привела к остановке строительства в Новом Иерусалиме на 14 лет. С восшествием на трон Фёдора Алексеевича и прощением Никона работы были возобновлены, но ни Никон, ни Фёдор Алексеевич не дождались завершения строительства - в 1681 году Никон был погребён, и, согласно его завещанию, похоронен в соборе Воскресенского Новоиерусалимского монастыря, Фёдор Алексеевич умер в 1682 году, и строительства велось по видоизменённому плану.
В центре ротонды разместилась главная святыня собора — кувуклия – часовня Гроба Господня - украшенная изразцами палатка, которая повторяла часовню иерусалимского храма, изменённую в начале XIX века.
В 1685 году собор был торжественно освящён в присутствии царей Ивана и Петра и соправительницы царевны Софьи.
С 1682 по 1706 год продолжалось устройство в храме приделов по образцу иерусалимского храма.
В 1723 году шатёр ротонды обрушился и в 1756-1761 гг., в царствование Елизаветы Петровны, началось восстановление шатра в стиле барокко по проекту Ф.Б. Растрелли и В. Бернардацци, работы вел К. Бланк, был возведён деревянный шатёр с повторением общих очертаний предыдущего шатра. Три яруса шатра прорезали шестьдесятью окнами-люкарнами. Благодаря большому количеству оконных проёмов пространство храма было залито светом, интерьер украсили живописными полотнами, выполненными в мастерской художника и будущего настоятеля монастыря Никона Зертис-Каменского. Игорь Эммануилович Грабарь писал:
«С точки зрения архитектурного типа здание было беспримерным и единственным во всей древней Руси. Его гигантский круглый зал с окружавшей его широкой галереей, наполненный светом, с исчезающим в высоте смело решённым шатром покрытия, тоже полным света и блеска, скульптурное и красочное одеяние стен собора — всё это в превосходном синтезе производило потрясающее впечатление. Мощная романская ротонда Старого Иерусалима, соединённая с русской шатровой крепостной башней, и беспредельный в своих перспективных эффектах, огромной зодческой силы зал в духе барокко, насыщенный сиянием света, сверканием золота, морем лепки и росписей, слились в этом подмосковном соборе в единый ансамбль небывалой торжественности…»
В советское время в стенах монастыря был организован историко-художественный музей.
В декабре 1941 года произошла новая трагедия - при отступлении после оккупации нацисты взорвали опоры Воскресенского собора, в результате чего обрушились шатёр, Большая глава и колокольня, был уничтожен главный иконостас со всеми иконами в интерьере собора (позже факты разрушения Новоиерусалимского монастыря приводились в Нюрнбергском процессе).
В послевоенные годы начались восстановительные работы, которые подвергались критике, к 1990-м годам работы так и не были завершены, монастырь был передан Русской православной церкви. В 2008 году был основан «Благотворительный фонд по восстановлению Воскресенского Ново-Иерусалимского ставропигиального мужского монастыря Русской Православной Церкви».
В настоящее время восстановительные работы в основном завершены, ведутся службы.
Посетить Новый Иерусалим можно с уникальным туром «Эклектики» «Звенигород-Истра-Волоколамск».
