Исходя из названия, которое в переводе означает «кабинет искусств», музей был задуман изначально как коллекция различных анатомических и национальных редкостей. Коллекция была основана ещё Петром Великим во время его путешествия в Европу – «Великого посольства» - в 1697-1698 годах. Пётр Великий привозил из Голландии и Англии различные «заморские диковинки», а позже поручил собирать их своим приближённым. Страсть к различным наукам, среди которых была и медицина, дали ему идею собирать также анатомические редкости, что послужило причиной создания самой знаменитой коллекции музея – коллекции «уродцев», которая легла в основу Анатомического отдела. Коллекция разрасталась довольно быстро и по указам Петра Первого стала открытой для всех учёных и желающих обучаться наукой в качестве «наглядного пособия».
Современный музей представляет собой несколько отделений. Первые отделения посвящены быту и образу жизни различных «диковинных» для русского человека народов Азии и Тихоокеанского побережья. Здесь собраны различные этнографические коллекции, посвящённые народам Северной Америки, Японии, Африки, Китая и Монголии, Ближнего и Среднего Востока, Индии и Индонезии, Австралии и Океании. В этом разделе представлены предметы одежды, образцы жилищ, предметов труда и различного промысла (рыбалка, охота, земледелие), элементы религиозных культов (шаманские обряды и предметы, ритуальные принадлежности), характеризующие материалы культуры (китайский фарфор, монгольские жилища, японские самурайские доспехи, элементы индийского театра, орудия труда племён Северной Америки, Австралии и Океании).
Особый интерес представляет Анатомический отдел – знаменитая коллекция «уродцев». В приобретённой ещё Петром Великим коллекции насчитывалось около 2000 экспонатов, представляющих различные биологические аномалии животного мира, включая зародышей и детей человека. Самыми знаменитыми можно назвать сиамских близнецов и двухголового ягнёнка. Кроме всего прочего, есть небольшая коллекция анатомических и хирургических предметов, которые использовали хирурги и студенты-медики XVII – XVIII веков.
Не менее значимым является «музей М.В. Ломоносова», который представляет собой три постоянных экспозиции по истории Кунсткамеры и русской науки в XVIII веке. Первые две экспозиции – «Большой Готторпский Глобус-Планетарий» и «Астрономическая обсерватория Петербургской академии наук» представляют собой реконструированную атмосферу того времени, когда здесь творили Михаил Васильевич Ломоносов и прочие приглашённые немецкие и первые русские учёные. Здесь представлены различные технические достижения того времени, книги, чертежи, портреты и рисунки. Третья экспозиция – «Зал заседаний Петербургской академии наук», находящийся в соседнем здании. Все вместе экспозиции этого отдела показывают первоначальный этап развития русской академической науки, освещают деятельность одного из первых русских учёных – Михаила Васильевича Ломоносова, воссоздают дух и атмосферу тех лет, показывают быт российских учёных.
Музей иногда проводит временные выставки, посвящённые различным странам и народам. Помимо всего прочего, «Кунсткамера» является одним из первых музеев, кто перешёл на формат виртуальных выставок. Таким образом здесь представлены виртуальные выставки, посвящённые различным народам (македонцы, эвенки), предметам (хотол – традиционный музыкальный инструмент хантов; счётная машина Евно Якобсона), коллекции масок из азиатских стран, различные фотографические коллекции и другие историко-культурные элементы. Особенностью является так же тот факт, что музей предлагает посетить анатомический кабинет виртуально, т.е. это можно сделать из любого уголка планеты! Однако, всё же, ничто не сможет заменить живых экскурсий с экскурсоводом, который может рассказать и показать гораздо больше интересного, чего иногда даже нельзя найти в интернете.
Сайт музея: http://www.kunstkamera.ru